Ngày 15/6/2012, 10 tuần đối đầu giữa Trung Quốc và Philippines khép lại bằng việc Manila rút tàu khỏi vùng biển quanh bãi cạn Scarborough, một đảo san hô vòng gồm nhiều đá ngầm và đá nổi trên Biển Đông, nằm cách đảo chính Luzon của Philippines khoảng 230 km và cách bờ biển đông nam Trung Quốc khoảng 1.000 km. Scarborough lâu nay vẫn là tâm điểm tranh chấp giữa Philippines, Trung Quốc và Đài Loan.
Bất chấp sự phản đối từ giới lãnh đạo châu Á, Bắc Kinh đã đẩy Manila khỏi Scarborough để chiếm quyền kiểm soát bãi cạn này, nơi Philippines tuyên bố chủ quyền 
kể từ sau khi giành được độc lập năm 1946.
Khủng hoảng nổ ra khi máy bay tuần tra của hải quân Philippines ngày 8/4/2012 phát hiện 8 tàu cá Trung Quốc gần bãi cạn Scarborough. Đúng như nghi ngờ, Manila phát hiện chúng chở bất hợp pháp sò tai tượng, san hô và cá mập, những sinh vật có nguy cơ tuyệt chủng, vi phạm luật của Philippines.
Manila cử tàu khu trục nhỏ BRP Gregorio del Pilar tiếp cận và bắt các ngư dân Trung Quốc. Tuy nhiên, máy bay trinh sát Philippines lại không thấy các tàu hải giám Trung Quốc cũng hiện diện trong khu vực. Mặc dù Philippines vẫn thường xuyên sử dụng tàu hải quân cho các hành động can thiệp bởi số lượng tàu bảo vệ bờ biển của họ còn hạn chế, Trung Quốc vẫn tuyên bố rằng Philippines đã sử dụng một tàu quân sự cho các hoạt động thực thi pháp luật.
Cáo buộc Manila quân sự hóa tranh chấp, Bắc Kinh điều tàu hải giám ngăn chặn Philippines bắt ngư dân. Kể từ đây, hai bên bị cuốn vào một cuộc tranh chấp chủ quyền quyết liệt ở bãi cạn Scarborough.
Yêu cầu Philippines lập tức rút lui, Trung Quốc nhanh chóng khiến căng thẳng leo thang bằng cách dàn đội hình tàu lấn át số lượng tàu của Philippines đang tới để giải cứu chiến hạm BRP Gregorio del Pilar. Sau đó, tàu hải giám Trung Quốc, được cho là đã phối hợp với các ngư dân, thực hiện động thái gây bất ngờ là dựng một hàng rào dây thừng quanh bãi cạn Scarborough, khiến các ngư dân Philippines bị nhốt bên trong.